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无论是民事或者是刑事的处理或者是审判，当地官府均不得参与，以免影响到大理寺审判的公正性。
内阁牵头，负责刑部和大理寺的改革。以后在两所大学里面，专门设立一个学习大明律法的学科。
随着时代的发展，咱们大明的律法也需要不断的更新。这些学习律法的学生毕业后，可以考取律法毕业证书和律法从业证书。也就是对民间那些负责写状子打官司的人员进行整顿，让精通律法的人员持证专门从事这个行业，免得那些需要打官司的百姓上当受骗。这些学习律法毕业的学生，也可以通过不断的研究大明法律，根据时代的发展，为大明制定各种专业的律法，这就需要大理寺来具体做这项工作了。”
朱由校对着众人不断的述说着自己的思想，尽量用直白的语言表达，以便让在场的众人都能够理解。
内阁首辅温体仁站出来，对着朱由校行礼后，缓缓说道。
“陛下，咱们的步子是不是迈的太大了，如果立马进行这些改革，不说外来因素，就说咱们大明的民间，短时间可能都接受不了，会产生许多的动荡不安的因素。现在国内不少地方的温饱问题还没有解决，许多地方的官员还都短缺，咱们短时间内可能就没有那么的人手来开展这几项工作。”
朱由校听了以后，立马回应道。
“所有地方的警察局有哪些退役的军人优先安排进去，各地的法院也可以慢慢的建设，先培养一些精通法律的人员再说。朕给你们5年的时间，5年之内在全国各地彻底完成这两个工作。”
朱由校看着温体仁，一脸平静的说道。
听到有5年的时间后，温体仁就没有再继续纠缠。
“微臣遵旨！”
温体仁恭敬说道。
紧接着，朱由校又缓缓说道。
“废除科举的事情暂时保密，等到需要的时候再公布。”
朱由校说完后，紧接着再次说道。
“说完官员的事情后，咱们再说之前谋反的案子吧。
这些被抓捕的官员，查实后全部处死，其家人全部服劳役，遇赦不赦！年龄小的可先进入慈幼局，等15岁以后再去服劳役。”
朱由校一脸严肃的说道。
“微臣遵旨！”
温体仁恭敬的说道。
“那奏报上说的，山东孔家应该怎么办？”
朱由校看着众位大臣，面无表情的说道。
“陛下，若要处理孔家，必须的有确凿的，令人信服的证据才行。否则的话，全国的官员和那些读书人，必定不会善罢甘休的啊！”
听到朱由校的问题后，温体仁赶忙上前拱手，一脸恐惧的说道。
朱由校听了以后，并没有反驳，也没有立即的回应。
“唉，传旨！前内阁首辅叶向高，因病去世，追赠太师，谥号文忠。”
朱由校缓缓说道。
众位大臣听到以后，悬着的心暂时放了下来。朱由校对叶向高进行封赏和追赠后，就代表不会立马处置山东孔家，短时间内也算是安抚了山东孔家的人了。
但是，朱由校这样做的目的并不是他们想象中那样，而是打算暂时的稳住山东孔家，等证据确凿后，再将这些人一网打尽。
“将沈炼的奏报传给巩永固，让巩永固在山东好好的查一查。通知到第四军团，让他们全程配合巩永固的调查，调查的结果随时汇报。”
朱由校对着众位大臣，缓缓的说道。
“是陛下，微臣遵旨！”
英国公张之极听了后，赶忙回应道。
而沈炼等人，在第二军团和第二舰队海军陆战队的配合下，将浙江，福建和湖广等地密谋造反的文武一网打尽，随后在第二军团派来配合的士兵的护送下，押着这些官员及其家人，朝京城快速赶去。